Kulminacją antyklerykalnej kampanii tamtych lat była dyskusja zapoczątkowana przez artykuł Czesława Miłosza „Państwo wyznaniowe?". Poeta pisał tam między innymi: „Co uderza w Polsce dzisiejszej, to ponowne pojawienie się dwóch języków, tyle że miejsce marksistowskiego zajął język katolicki. Można życzyć księżom, żeby tak powszechnie wyrażana zgoda na wiodącą rolę katolicyzmu jako religii całego narodu nie przesłoniła im prawdy nieco innej, ujawnianej w rozmowach, które milkną w ich obecności. Bo powiedzmy sobie szczerze, ludzie w Polsce zaczęli się księży bać, co nie jest dobrym znakiem". Równocześnie opinie na temat etyki i moralności Miłosz zredukował do nadprzyrodzonych, irracjonalnych czy pozaspołecznych elementów rzeczywistości. Siłą rzeczy w tej logice prawna ochrona życia nienarodzonych musiała zostać zakwalifikowana podobnie jak prawny przymus wiary w dogmat o Trójcy Świętej. Konsekwentnie jednak każdy postulat znajdujący się w agendzie społecznej Kościoła musiałby się wtedy znaleźć poza obszarem dyskusji prawnej czy politycznej jako mieszający religijne ze świeckim.

Kościół spychany na margines

Tego typu demagogia, często trudna do rozplątania w sporach publicystycznych, była dominującym językiem mówienia o Kościele po 1991 r. Dobrze, choć nie bez uległości wobec tego języka i przesądów panujących w tamtym czasie, zręczny proces unicestwiania głosu Kościoła opisał już w 1995 r. Jarosław Gowin w książce „Kościół po komunizmie": „Krytycy zgodni są, co prawda, w opisie przejawów teokratycznych dążeń Kościoła: wprowadzenie religii do szkół, nadawanie uroczystościom państwowym oprawy religijnej, ingerowanie w obsadę urzędów państwowych, umieszczanie tam symboli religijnych, budowanie sobie zaplecza politycznego przez popieranie poszczególnych partii, ograniczanie wolności słowa przez wprowadzanie zapisów o obowiązku respektowania wartości chrześcijańskich w środkach przekazu, a wreszcie dążenie do obwarowania norm moralnych i obyczajowych płynących z doktryny katolickiej sankcjami prawa karnego – to tylko najczęściej spotykane przykłady. Gdyby jednak, opierając się na nich (a zwłaszcza na ich szczegółowych uzasadnieniach), próbować określić koncepcję rozdziału państwa i Kościoła, okazałoby się, że krzyżujące się linie zarzutów pozostawiają dla swobodnej działalności Kościoła zaledwie skrawki życia publicznego i część życia prywatnego". Jeśli ta opinia jest trafna, to antyklerykalizm, choćby najsubtelniej wyrażony, jest w samym swoim rdzeniu po prostu antydemokratyczny. Dąży bowiem do prawnego wyeliminowania stygmatyzowanej grupy (katolików) z życia publicznego. Pojęcie „państwa wyznaniowego" rozmywano zresztą tym bardziej, im trudniej było znaleźć dla niego konkretne oparcie. Tadeusz Zieliński, rzecznik praw obywatelskich z lat 90., mówił choćby: „Państwo wyznaniowe to takie, w którym Kościół rości sobie pretensje do bycia arbitrem we wszystkich sprawach moralnych, a także w sprawach prawnych, gdy mają one znaczenie moralne". Co oznacza w tym wypadku słowo „arbiter"? Zdaje się, że nic ponad „uczestnik życia publicznego mający wyrobione zdanie na określone kwestie społeczne". Z pewnością nie mogło być mowy o rzeczywistym wykraczaniu Kościoła poza procedury demokratyczne. Zatem wypowiedź prof. Zielińskiego to czyste pustosłowie.

Spór z ideologicznym antykatolicyzmem jest wciąż aktualny. Propozycje Kościoła traktuje się jako niepodlegające racjonalnej ocenie, ponieważ obowiązujące myślenie łączy religijność z irracjonalizmem i opresją. Praktycznie oznacza to, że większą siłę przebicia w sferze publicznej mają ateistyczne propozycje etyczne, choćby nawet w rzeczywisty sposób proponowały opresyjność i budowanie nieludzkiego świata. A jednak Kościół w zakresie rozwiązań prawnych proponuje to, co jest do zaakceptowania dla przyrodzonego rozumu i zdrowego rozsądku. Pisał o tym w samym sercu sporów pierwszej połowy lat 90. Józef Krukowski w książce „Kościół i państwo. Podstawy relacji prawnych": „Obawy, że uwzględnienie systemu wartości chrześcijańskich nadaje państwu charakter wyznaniowy, wynikają z niezrozumienia jego istoty. Jest to personalistyczny system podstawowych wartości. Respektowanie tego systemu w konstytucji polega więc przede wszystkim na poszukiwaniu fundamentalnej wartości, jaką jest godność osoby ludzkiej, oraz wprowadzeniu skutecznych gwarancji praw człowieka wynikających z tej wartości". Oczywiście antyklerykałów to nie obchodzi. Im chodzi o coś zupełnie innego – o stworzenie „nowego człowieka" pozbawionego korzeni i wartości.