Pierwszy zespół tworzyli dwaj historycy – doktorzy Andrzej Grajewski i Piotr Gontarczyk, których o zbadanie dokumentacji na temat TW Filozofa poprosił sam niedawno zmarły arcybiskup Józef Życiński. Drugi to badacze Komisji Historycznej, która sprawdzała przeszłość członków Episkopatu Polski.

Gontarczyk i Grajewski nie opublikowali wyników swoich badań. – Prace przerwały moje sprawy osobiste – mówi Gontraczyk. Komisja Historyczna nigdy nie ujawniła, co odkryła w archiwach IPN, ograniczając się do komunikatu, w którym stwierdzono jedynie, że w zasobach IPN „znajdują się informacje o tym, że kilkunastu spośród nich zostało zarejestrowanych przez organy bezpieczeństwa PRL jako »tajni współpracownicy« lub »kontakty operacyjne«, względnie »kontakt informacyjny«, a jeden został zarejestrowany jako »agent« wywiadu PRL, zaś »w odniesieniu do reszty żyjących biskupów nie ma żadnych podstaw do mówienia o jakiejkolwiek współpracy z SB«”. Sprawozdanie końcowe komisji – choć powstało – nigdy nie ujrzało światła dziennego.