W latach 80. udało mu się przejąć jedno z największych podziemnych wydawnictw – Oficynę Wydawniczą Rytm. Po 1989 r. stało się ono jednym z największych wydawnictw publikujących prace historyczne.

Zerwanie współpracy z Oficyną Wydawniczą Rytm, która oficjalnie należy do żony mjr. Pękalskiego, zapowiedział już prezes Instytutu Pamięci Narodowej dr Łukasz Kamiński. – Nie wyobrażam sobie, by po ujawnieniu przeszłości Kotarskiego vel Pękalskiego współpraca z tym wydawnictwem mogła być kontynuowana – mówi prezes IPN. Instytut wprawdzie nie dotował bezpośrednio wydawnictwa, lecz miał podpisane z nim umowy na wspólne wydania książek finansowanych w dużej części z budżetu IPN.

O dalszej współpracy z Oficyną Wydawniczą Rytm i Instytutu Studiów Politycznych PAN także nie ma mowy. – Nie mieliśmy pojęcia o przeszłości Mariana Kotarskiego. Sam wydałem w Rytmie wiele książek, nie mając świadomości, że Kotarski był oficerem SB skierowanym do inwigilacji solidarnościowego podziemia – mówi „Uważam Rze" prof. Cezary Eugeniusz Król kierujący instytutem.

Profesor Andrzej Paczkowski, równocześnie pracownik naukowy ISP PAN i członek Rady IPN, służbą Kotarskiego w SB jest zaskoczony, ale nie wstrząśnięty.

– Ten przypadek jest tylko potwierdzeniem perfidii Służby Bezpieczeństwa. To, co jest w tej sprawie zdumiewające, to fakt, że tak długo udawało mu się zachować w tajemnicy swoją prawdziwą tożsamość – mówi Paczkowski. Wstrząśnięta jest natomiast sztandarowa autorka wydawnictwa Barbara Wachowicz, która o przeszłości Kotarskiego dowiedziała się od dziennikarza „Uważam Rze".

W Rytmie wydała swoją sagę poświęconą skautingowi w Polsce „Wierna rzeka harcerstwa" oraz książki poświęcone wielkim Polakom – Mickiewiczowi, Słowackiemu, Kościuszce i Żeromskiemu.

– Nie chce mi się w to wierzyć. Może to jakaś pomyłka? Ten człowiek wydał dziesiątki wspaniałych książek poświęconych antykomunistycznemu podziemiu, Armii Krajowej, niezależnemu harcerstwu – mówi. Dodaje, że z Kotarskim miała bardzo dobre stosunki. – To człowiek, który wydawał książki patriotyczne, którymi nie byli zainteresowani inni wydawcy, a które jednak cieszyły się zainteresowaniem czytelników – mówi Barbara Wachowicz.