Abdykacja Benedykta XVI to akt bezsilności. Protest przeciwko wewnętrznym podziałom w Kościele, przeciwko kardynałom i prałatom, których interesują tylko własne kariery. Próba oczyszczenia Kościoła, którą Joseph Ratzinger rozpoczął w 2005 r., została przerwana. Ale czy na pewno? Rezygnacja papieża to bardzo czytelny znak dla kardynałów, że nadszedł czas poważnej dyskusji o problemach Kościoła, których dotąd nie zauważano albo które próbowano zamiatać pod dywan. Z wyzwaniem będzie się musiał zmierzyć nowy biskup Rzymu. Kto nim zostanie? Włoch, Europejczyk, Afrykanin czy Azjata? Konklawe, które rozpocznie się najwcześniej 15 marca, na pewno nie skończy się w ciągu jednego dnia. Kardynałowie mają trudny orzech do zgryzienia.

Wielki Piątek 25 marca 2005 r. Ciężko chory Jan Paweł II nie jest w stanie poprowadzić tradycyjnej drogi krzyżowej w rzymskim Koloseum. Nabożeństwu przewodniczy kardynał Joseph Ratzinger, prefekt Kongregacji Nauki i Wiary. Stacje telewizyjne pokazują przytulonego do krzyża Jana Pawła II. Kardynał Ratzinger w Koloseum mówi: „Panie! Tak często Kościół wydaje nam się tonącym okrętem. Łodzią, która ze wszystkich stron nabiera wody. Także na Twoich łanach widzimy więcej kąkolu niż zboża. Przeraża nas brud szaty i oblicza Twojego Kościoła. Ale to my sami go zbrukaliśmy. To właśnie my sami zdradzamy się za każdym razem, po wszystkich wielkich słowach i szumnych gestach. Zmiłuj się nad Twoim Kościołem. Także w Jego wnętrzu Adam upada ciągle na nowo. Naszym upadkiem powalamy Cię na ziemię. Szatan ze śmiechem szydzi, mając nadzieję, że nie dasz się już podnieść z tego upadku. Liczy, że powalony upadkiem Twojego Kościoła pozostaniesz na Ziemi pokonany. Ty jednak powstaniesz. Powstałeś. Zbawiaj i uświęcaj Swój Kościół".

Niespełna miesiąc później, we wtorek 19 kwietnia, kardynał Ratzinger został Benedyktem XVI – 265. biskupem Rzymu. W inaugurującej pontyfikat liturgii na placu św. Piotra porównuje Kościół do rozerwanej sieci rybackiej. Apeluje: „Uczyńmy co tylko możliwe na drodze ku jedności, którą obiecał [Chrystus]".

Przekaz programu rozpoczynającego się pontyfikatu był jasny: dość podziałów w Kościele, koniec karierowiczostwa, matactw, przekrętów, koniec z tolerancją dla pedofilii wśród duchownych, nie dla homoseksualizmu w Kościele.

Pedofilia i korupcja za Spiżową Bramą

Problemy pojawiły się szybko. Papież intelektualista, który najchętniej siedziałby w bibliotece, musiał zmierzyć się z aferą pedofilską, która wybuchła w Irlandii i Stanach Zjednoczonych. Prasa szybko wyciągnęła, że sprawy księży molestujących seksualnie swoich wychowanków trafiały wcześniej do Watykanu. O ich ukrywanie oskarżono hierarchię kościelną, w tym także papieża, który jako szef Kongregacji Nauki i Wiary musiał przecież o nich wiedzieć. 28 października 2006 r. Benedykt XVI w czasie spotkania z biskupami z Irlandii podjął sprawę księży pedofilów. Papież mówił m.in., że Kościół w Irlandii miał do czynienia z „licznymi i strasznymi przypadkami nadużyć seksualnych w stosunku do nieletnich", i podkreślił, że „są one tym tragiczniejsze, gdy nadużyć tych dopuszczają się ludzie Kościoła". Rany, jakie one czynią, są bardzo głębokie i wymagają odbudowania zaufania ofiar, dodał Benedykt XVI.

Temat powracał w kolejnych latach. A papież przepraszał ofiary pedofilii podczas pielgrzymek do Stanów Zjednoczonych, Australii. Na Malcie spotykał się z poszkodowanymi przez księży. W katedrze westminsterskiej w Londynie 18 września 2010 r. podczas mszy św. z wielkim smutkiem mówił o „wielkich cierpieniach spowodowanych nadużyciami wobec dzieci, zwłaszcza w Kościele i przez jego sługi". „Przede wszystkim wyrażam najgłębszy żal niewinnym ofiarom tych niewypowiedzianych zbrodni wraz z nadzieją, że moc łaski Chrystusowej, Jego ofiary pojednania, przyniesie głębokie uzdrowienie i pokój w ich życiu" – mówił Benedykt XVI. Dzień później w przemówieniu do biskupów Anglii i Walii oraz Szkocji podkreślił, że „haniebne wykorzystywanie dzieci i młodzieży przez księży i zakonników" poważnie „podważa moralną wiarygodność przywódców Kościoła". Kilka miesięcy wcześniej podczas mszy św. na zakończenie Roku Kapłańskiego w Watykanie przeprosił za grzechy nadużyć seksualnych ze strony duchowieństwa wobec nieletnich i zapewnił, że Kościół uczyni wszystko, co w jego mocy, aby tego rodzaju grzechy i błędy nigdy więcej się nie powtórzyły.