Według śledczych w latach 2011–2012 przyjmował łapówki w wysokości od 1,5 tys. do 30 tys. zł oraz inne korzyści materialne. Pieniądze i inne prezenty zapewniał sobie, powołując się na wpływy zarówno w urzędach lokalnych, takich jak starostwo i komendy policji, jak i w jednym z ministerstw. Marszałek nie gardził również korzyściami o bardziej osobistym charakterze. Dwa zarzuty przedstawione mu przez Prokuraturę Apelacyjną w Lublinie dotyczą „zaspokajania potrzeb seksualnych".

Pomimo ciężkich zarzutów Karapyta pozostaje na wolności. To skutek kontrowersyjnego orzeczenia Sądu Rejonowego Lublin-Zachód. Na marszałka nałożono jedynie obowiązek wpłacenia 60 tys. zł kaucji. Decyzja sądu wzbudziła oburzenie szefa CBA. Paweł Wojtunik zawnioskował do ministra sprawiedliwości o wszczęcie postępowania dyscyplinarnego wobec sędzi Katarzyny Gałus. Wojtunik zarzucił sędzi, że zastosowała nieadekwatnie niską kwotę poręczenia majątkowego wobec marszałka, co może świadczyć o braku zachowania przez nią bezstronności, obiektywizmu i sędziowskiej niezawisłości. Teraz sprawą zajmie się Krajowa Rada Sądownictwa.

Wraz z marszałkiem zatrzymano dwóch przedsiębiorców z Podkarpacia. Jeden z nich usłyszał zarzuty oszustwa o charakterze korupcyjnym, drugi – dwa zarzuty o charakterze korupcyjnym i zarzut przywłaszczenia środków ze spółki, której jest udziałowcem.

Mirosław Karapyta nie przyznaje się do żadnego z zarzucanych mu czynów. Nie ma również zamiaru rezygnować ze stanowiska. O jego losie zadecyduje sejmik województwa. Wniosek o odwołanie został już złożony przez radnych. Samorządowiec deklaruje  natomiast, że odejdzie z PSL. To protest przeciw postawie jego partyjnych kolegów, którzy – jak mówi – „na podstawie informacji prasowych i bez jakiejkolwiek próby konsultacji z nim oraz bardzo przedwcześnie wyrażali się w sposób przesądzający o jego winie i wydali na niego polityczny wyrok".