Stan ten wynika głównie z niewydolności pionu archiwalnego instytutu, do czego z kolei walnie przyczynia się żółwie tempo pracy służb specjalnych, które od dziesięciu lat nie są w stanie oddzielić w zasobie archiwalnym IPN tego, co dotyczy epoki PRL, od tego, co ich funkcjonariusze wytworzyli już po 1990 r.

Jednak to nie mizerne tempo weryfikacji oświadczeń lustracyjnych wydaje się główną przyczyną mocno ograniczonego charakteru tego procesu. Pierwszym najważniejszym powodem, dla którego nie udało się przeprowadzić szerszej lustracji, jest stan zachowania archiwów bezpieki i tzw. linia orzecznictwa sądów w sprawach lustracyjnych. Sądy domagają się bowiem dowodów w postaci podpisanych zobowiązań do współpracy, pokwitowań odbioru pieniędzy, a także własnoręcznych doniesień. Tymczasem w przypadku ok. 90 proc. agentury tego rodzaju dowody nie zachowały się bądź też nawet nigdy nie istniały.